Selasa, 04 Desember 2012

Software Kimia Komputasi

Berikut adalah beberapa software kimia komputasi yang ada di linux:

1. Avogadro
2. BALLView
3. bist
4. BKchem
5. Chemistry calculator
6. Chemtool
7. DRAWxtl
8. EasyChem Chemical Structures Editor
9. Gabedit QC-GUI
10.gamgi
11. Garlic Protein Visualization
12. GChemPaint Chemical Structures Editor
13. GDIS Molecule Modeller
14. GDPC Molecular Dynamic Simulator
15. ghemical
16. Gnome Crystal Crystalline Structures Viewer
17. GPeriodic
18. Kalzium
19. massXpert
20. mMass
21. Molecules Viewer
22. Periodic Table
23. Periodic table of the elements
24. PyMOL Molecular Graphic System
25. Spectrum viewer
26. Viewmol
27. xdrawchem Chemistry Editor
28. XMakemol


Selasa, 02 Oktober 2012

Selasa, 25 September 2012

Pengaruh Model Molekul Terhadap Energi Aspirin


Aspirin


Aspirin + Cl
Energi yang dihasilkan oleh model molekul aspirin adalah 2,831122 kcal/mol. Sedangkan energi yang dihasilkan oleh model molekul aspirin yang direaksikan dengan atom Cl adalah 2,750113 kcal/mol. Mengapa demikian? Karena penempatan atom Cl menjauhi atom O yang bermuatan negatif sehingga energi yang dihasilkan akan lebih kecil dari energi awal. Jadi, semakin jauh letak atom terhadap atom lainnya yang muatannya sama maka energi yang dihasilkan akan semakin kecil.

Hubungan Sudut Ikatan dengan Teori Hibridisasi

No.
Gambar
Sudut ikatan
Keterangan
1.






1090

Sudut ikatan antar C sp3 dengan C sp3
2.






1200

Sudut ikatan antara C sp2 dengan C sp2
3.





1800

Sudut ikatan antar C sp dengan Csp

Penentuan Panjang Ikatan dan Sudut dalam Senyawa

C6 Rantai Lurus
Benzena
Benzena



Kamis, 20 September 2012

Teori Hibridisasi


Teori domain elektron dapat digunakan untuk meramalkan bentuk molekul, tetapi teori ini tidak dapat digunakan untuk mengetahui penyebab suatu molekul dapat berbentuk seperti itu. Sebagai contoh, teori domain elektron meramalkan molekul metana (CH4) berbentuk tetrahedron dengan 4 ikatan C-H yang ekuivalen dan fakta eksperimen juga sesuai dengan ramalan tersebut, akan tetapi mengapa molekul CH4 dapat berbentuk tetrahedron? Pada tingkat dasar, atom C (nomor atom = 6) mempunyai konfigurasi elektron sebagai berikut.

 
Dengan konfigurasi elektron seperti itu, atom C hanya dapat membentuk 2 ikatan kovalen (ingat, hanya elektron tunggal yang dapat dipasangkan untuk membentuk ikatan kovalen). Oleh karena ternyata C membentuk 4 ikatan kovalen, dapat dianggap bahwa 1 elektron dari orbital 2s dipromosikan ke orbital 2p, sehingga C mempunyai 4 elektron tunggal sebagai berikut.



menjadi



Namun demikian, keempat elektron tersebut tidaklah ekuivalen dengan satu pada satu orbital 2s dan tiga pada orbital 2p, sehingga tidak dapat menjelaskan penyebab C pada CH4 dapat membentuk 4 ikatan ekuivalen yang equivalen. Untuk menjelaskan hal ini, maka dikatakan bahwa ketika atom karbon membentuk ikatan kovalen dengan H membentuk CH4, orbital 2s dan ketiga orbital 2p mengalami hibridisasi membentuk 4 orbital yang setingkat. Orbital hibridanya ditandai dengan sp3 untuk menyatakan asalnya, yaitu satu orbital s dan 3 orbital p. 6C: 1s2 2s1 2p3 mengalami hibridisasi menjadi 6C : 1s2 (2sp3)4 Hibridisasi tidak hanya menyangkut tingkat energi, tetapi juga bentuk orbital gambar. Sekarang, C dengan 4 orbital hibrida sp3, dapat membentuk 4 ikatan kovalen yang equivalen. Jadi, hibridisasi adalah peleburan orbital-orbital dari tingkat energi yang berbeda menjadi orbital-orbital yang setingkat.

Bentuk molekul CH4
Jumlah orbital hibrida (hasil hibridisasi) sama dengan jumlah orbital yang terlihat pada hibridasi itu.